Esto explica por qué la resistencia a la política de prohibición establecida por las autoridades del shogunato fue particularmente intensa, especialmente durante el levantamiento de 1637. Hasta ahí, se intentaba desenmascarar a los cristianos mediante la prueba del fumi-e que consistía en obligar a las personas sospechosas de profesar la fe cristiana a que pisotearan un icono de Jesús o de la Virgen María. Aquellos que rechazaban renunciar a sus creencias eran deportados o, más comúnmente, ejecutados. La violencia en la que se sume progresivamente Amakusa conduce a buena parte de los fieles a revelarse bajo la dirección del joven Masuda Shirô, conocido como Amakusa Shirô. Un memorial le ha sido consagrado en Amakusa (977-1 Oyanomachinaka, Kami-Amakusa. Abierto de 9h a 17h, 600 yenes). Casi 27 000 sublevados se refugiaron en el castillo de Hara, una antigua fortaleza situada en la prefectura de Nagasaki, los cuales defendieron con vehemencia su fe frente a las tropas del shogunato compuestas de 120 000 hombres. Lo que queda del castillo ha sido inscrito en el Patrimonio Mundial de la Unesco pudiéndose ver en el Museo de los Cristianos de Amakusa (19-52 Funenoomachi, Amakusa. Abierto de 8h30 a 18h, 300 yenes) un impresionante diorama que reconstruye la batalla. El estandarte de los rebeldes está expuesto también, ofreciendo un fiel testimonio de esta férrea voluntad de defender su fe frente a ese poder que quería exterminarlos. El shogunato obtiene incluso el apoyo armado de los holandeses instalados en Hirado, en el norte de Nagasaki, para bombardear el castillo desde el mar.
El asedio terminó unos meses después con una hiriente derrota para los cristianos y la ejecución de la mayoría de sus líderes. Esta revuelta, conocida con el nombre de Shimabara, fue el resultado de numerosos abusos cometidos por orden del poder del shogunato, tal como lo atestigua, a algunos pasos del Museo Cristiano Amakusa, la estela de los 1.000 mártires ubicada en el parque del mismo nombre. Es allí donde se construyó el castillo de Hondo, antiguo feudo del daimyô cristiano Konishi Yukinaga, derrotado durante la famosa batalla de Sekigahara (1600), lo que permitió a Tokugawa Ieyasu implantar su poder en Japón y, posteriormente, imponer su rechazo a la influencia cristiana.
